Управление  осуществляет федеральный государственный контроль (надзор) за соблюдением законодательства Российской Федерации, в том числе международных договоров Российской Федерации, о торговом мореплавании, о внутреннем водном транспорте Российской Федерации, в том числе и в границах автономного округа.

         Основными функциями Управления являются:

- контроль и надзор за деятельностью юридических и физических лиц, индивидуальных предпринимателей, отдельных должностных лиц, связанной с судоходством и обеспечением его безопасности на море и внутренних водных путях, а так же эксплуатацией портовых и судоходных гидротехнических сооружений;

- надзор за деятельностью государственных лоцманских служб и негосударственных организаций по лоцманской проводке судов;

- государственный контроль и надзор за соблюдением требований технического регламента о безопасности объектов внутреннего водного транспорта;

- расследование транспортных происшествий на внутреннем водном транспорте;

- лицензирование отдельных видов деятельности на внутреннем водном транспорте;

- проверка соблюдения норм и правил безопасной эксплуатации портовых гидротехнических сооружений, а также судоходных гидротехнических сооружений;

- обеспечение надзора за деятельностью капитанов бассейнов внутренних водных путей по осуществлению ими государственного портового контроля;

- рассмотрение дел об административных правонарушениях в рамках статьи 23.36 КоАП РФ.

Сотрудники Управления уполномочены:

- беспрепятственно по предъявлению служебного удостоверения и копии приказа на проведение проверки посещать и обследовать объекты инфраструктуры внутреннего водного транспорта, а также суда и другие плавучие объекты;

-выдавать предписания об устранении выявленных нарушений;

-составлять протоколы и рассматривать дела об административных правонарушениях.